Çekirdekleri ve zarla çevrili organelleri bulunmadığı için “prokaryot” hücre yapısındadırlar. Klorofil ve oksijenli solunum enzimleri gibi moleküller hücre zarından sitoplazmaya uzanan kıvrımlar üzerinde veya sitoplazmada serbest olarak bulunur. Şekil : Bakterilerin Genel Hücre Yapısı DNA molekülü bir tane olup, etrafında zar yoktur. Bazı bakterilerde normal DNA dan çok daha küçük yapılarda vardır. Üremeyle ilgisi olmayan bu yapılara plazmitler denir. Plazmitler antibiyotik ve diğer bazı kimyasal maddelere karşı kazanılan direncin diğer hücrelere taşınmasını sağlar. Bütün bakteri hücrelerinde, zar, çeper, ribozom, DNA, RNA ve çeşitli enzim sistemleri bulunur. Bazı türlerde bu yapılara ek olarak bazı özel görevli oluşumlar bulunabilir. Hücre zarının sitoplazmaya doğru kıvrımlaşmasıyla oluşan mezozomlar, oksijenli solunum enzimlerini bulundurur. Mitokondrinin işlevini gerçekleştirir. Aynı şekilde oluşmuş tilakoit zarı üzerinde ise klorofil molekülleri bulunur ve kloroplastın işlevini üstlenir. Hücre zarından dışarıya doğru uzanan sil ve kamçı şeklindeki tüpçükler ise, hareketi ve korunmayı sağlar. Çok az türde, üçüncü bir hücre örtüsü vardır. Kapsül denilen bu yapı olumsuz şartlara dayanma gücünü artırır. Bunun için, kapsüllü bakteriler genellikle patojen (hastalık yapıcı) özelliktedir. Bakterilerdeki hücre çeperi, protein, yağ ve karbonhidrattan yapılmış olup, selüloz içermez. Bakteriye şekil verir ve onu korur. Ribozomları çok sayıda olup, ökaryot hücrelerdekinden daha küçüktür.